Электрофорез в полиакриламидном геле в присутствии додецил-сульфата натрия - это обычная методика, но в случае интегральных мембранных белков при ее применении возникают особые проблемы. В этом методе додецилсульфат связывается с полипептидными цепями, и комплексы белок-ДНС разделяются в полиакриламидном геле в соответствии с их стоксовыми радиусами, которые в большинстве случаев зависят от молекулярной массы. Молекулярную массу определяют, сравнивая электрофоретическую подвижность данного комплекса и известного стандарта. Однако связывание ДСН с неизвестным белком может качественно отличаться от связывания со стандартами, и тогда будет получен неправильный результат. Подобная ситуация наблюдается для интегральных мембранных белков с высоким содержанием неполярных аминокислотных остатков. Возможна и другая ситуация. Связывающийся с ДСН мембранный белок может находиться в не полностью развернутом состоянии, что тоже приведет к аномальному повышению электрофоретической подвижности из-за образования более компактного комплекса белок-ДСН. Все эти эффекты весьма существенны. Например, лактозопермеаза имеет кажущуюся молекулярную массу 33 000, если измерять ее с помощью электрофореза в ПААГ в присутствии ДСН; в действительности же, как показывают результаты генетического анализа, ее молекулярная масса равна 46 000. Еще одна проблема - возможное наличие четвертичной структуры. Некоторые мембранные белки агрегируют даже в присутствии ДСН. Например, гликофорин А или белок оболочки бактериофага М13 (или fd) при электрофорезе в полиакриламидных гелях с ДСН находятся в основном в виде димеров.

Итак, оценка молекулярной массы субъединиц сильно неполярных интегральных мембранных белков, определенная с помощью электрофореза в ПААГ с ДСН, может оказаться неверной. К несчастью, простая альтернатива этому методу отсутствует, и правильную величину часто получают либо по данным о полной первичной последовательности (обычно последовательности соответствующего гена), либо с помощью точного гидродинамического анализа.

Похожие материалы:

Проявление действия гена
Ген как единица наследственности, детерминирующая признаки, или свойства, организма, имеет определенные характеристики: 1) в своем действии ген дискретен; он определяет присутствие или отсутствие отдельной биохимической реакции, степень ...

Особенности размножения
Половая зрелость наступает в возрасте 2—3 лет, а в неволе — в полтора года. Бобры обычно моногамы; партнеры могут быть разного возраста; описан случай, когда самец был старше самки на 15 лет (Кудряшов, 1973). В течение года бывает один по ...

Лазурник трехлопастный - Laser trilobum (L.) Borkh [Siler trilobum scop]
Cmamyc. 3(Е) - редкое растение. Реликт Среднего Поволжья (Спрыгни, 1936). В Пензенской области встречается редко (Солянов, 2001). Общее распространение. Европа, Средиземноморье (Балканы), Малая Азия, Армения, Курдистан, Иран. В СНГ вид в ...